核心区域13平方公里的三垟湿地水网密布，交错纵横的河道将陆域分割成大小161个岛屿，具有独特的平原水乡景色，有“浙南威尼斯”之誉，是我国沿海城市目前最大的城市“绿心”。然而，三垟湿地并非原生态湿地系统。频繁的人类活动、过度的外来干扰，湿地生态系统的“超负荷”，使其生态功能日渐退化，整体水质为劣Ⅴ类。曾有专家论证，三垟湿地的现实生态价值，仅发挥其理论价值的16.4%。