契嵩提出西竺佛陀释迦牟尼传承到菩提达摩的二十八祖学说，引起佛门极大的震动。天台派强烈反对，他们仍然坚持二十四祖说，并对契嵩的二十八祖说进行批判，说他伪造佛门历史。契嵩并不示弱，博引圣贤经论及古人集录为证进行辩论，寸土不让。
在辩论中，契嵩感到必须系统地著书立说正本清源，极有说服力地写出几本书来，才能说服佛门各个教派和学者，修正《释门正统》的错误观点。
契嵩夜以继日地潜心写作，写成《传法正宗记》和《禅宗定祖图》，详细总结佛教宗派源流情况，在佛门中进行传播。
《传法正宗记》共有12卷10多万字，《禅宗定祖图》由当时著名画家吴缣绘画，吴缣的画传神逼真，宛若活人。
契嵩在《传法正宗》书中，详细列出西土天竺自佛陀释迦牟尼以后承传名单和传记：
天竺第一祖摩诃迦叶尊者传天竺第二祖阿难尊者传
天竺第三祖商那和修尊者传天竺笫四祖波多尊者传
天竺第五祖提多迦尊者传天竺第六祖弥遮迦尊者传
天竺第七祖婆须蜜尊者传天竺第八祖佛陀难提尊者传
天竺第九祖伏驮蜜多尊者传天竺第十祖胁尊者传
天竺第十一祖富那夜奢尊者传天竺第十二祖马鸣大士传
天竺第十三祖迦毗摩罗大士传天竺第十四祖龙树大士传
天竺第十五祖迦那提婆大士传天竺第十六祖罗喉罗多大士传
天竺第十七祖僧伽难提大士传天竺第十八祖伽耶舍多大士传
天竺第十九祖鸠摩罗多大士传天竺第二十祖闍夜多大士传
天竺第二十一祖婆修盘头大士传天竺第二十二祖摩拏罗大士传
天竺第二十三祖鹤勒那大士传天竺第二十四祖师子尊者传
天竺第二十五祖婆舍斯多尊者传天竺第二十六祖石如蜜多尊者传
天竺第二十七祖般若多罗尊者传天竺第二十八祖菩提达摩尊者传
震旦第二十九祖慧可尊者传震旦第三十祖僧璨尊者传
震旦第三十一祖道信尊者传震旦第三十二祖弘忍尊者传
震旦第三十三祖慧能尊者传
六祖大鉴禅师以后，其法益广，不复一一相传，其后所出法嗣43人。
契嵩对天竺二十八祖相传，不但有具体相传名单，而且还有相传的故事和情节，都是有经典可查，在争论较多的菩提达摩是否天竺先祖所传，契嵩肯定达摩为般若多罗尊者所传，并且把相传故事作如下描述：
菩提达摩尊者，南天竺国人也。姓刹帝利，初名菩提多罗，亦号达摩多罗。父曰香至，盖其国之王。达摩即王之第三子也，生而天性高胜，卓然不辈，诸子虽处家已能趣佛理。及般若多罗说法王宫，乃得相见。寻答般若问珠之义，才辨清发称有理趣。般若奇之，默许其法器。及父厌代，遂辞诸兄，从般若出家曰：我素不顾国位，欲以法利物，然未得其师，久有所待。今遇尊者出家决矣，愿悲智见客。般若受其礼，为之剃度曰：汝先入定，盖在日光三昧耳，汝于诸法已得通量，今宜以菩提达摩为汝之名，会圣僧与受戒具，当此其地三震，月明昼观，尊者寻亦成果。自此其国俗因以达摩多罗称之，亦曰菩提王子。遂事其师更四十余载，而般若乃以法付之。益嘱尊者曰：汝且化此国，后于震旦当有大因缘，然须灭后六十七载，乃可东之，汝若速往恐衰于日下。尊者既禀其命。复问般若曰：若我东往，其国千载之下颇有难耶？得大法器继吾道乎。般若多罗曰：法之所往，其趣法者，繁若稻麻竹苇，不可胜数。然其国当我灭后六十余载，必有难作水中文布，善自降之。然汝至彼南方，不可即住，盖其天王方好有为，恐不汝信，听吾偈曰：
路行跨水复逢羊
独自栖栖暗渡江
日下可怜双象马
二株嫩桂久昌昌
尊者又问曰：过此以往可得闻呼。又曰：吾灭之后一百五岁，其复有小难，又说偈曰：
心中虽吉外头凶
川下僧房名不中
为遇毒龙生武子
忽逢小鼠寂无穷
又问曰：此后复有事乎？曰：吾灭后一百六十年末复，有小难盖，父女继作其势非，久可三五稔耳。又说偈曰：
路上忽逢深处水
等闲见虎又逢猪
小小牛儿虽有角
青溪龙出总须输
又问曰：所谓法器菩萨，此后出乎？般若又说偈曰：
震旦虽阔无别路
要假侄孙脚下行
金鸡解衔一颗米
供养十万罗汉僧
复曰：此吾灭后三百三十载，乃应之也。又问曰：此后佛法中颇有明斯意而善分别者耶？曰：吾灭后三百八十年间，乃有比丘暗学而明用。又说偈曰：
八月商尊飞有声
巨福来祥鸟不惊
怀抱一鸡重赴会
手把龙蛇在两槛
……
契嵩在叙述天竺第二十七祖般若多罗尊者传承菩提达摩尊者的文字中，长达数千字。它详细记载菩提达摩祖师的身世，受戒情况，般若多罗尊将法具对达摩的传承，并且命其进入震旦(中国)传法，并预测他灭后三千年内佛教的变化。这些叙述都是契嵩根据许多佛学经典而写成的，具有很强的说服力。
契嵩的《传法正宗记》和《禅宗定祖图》在僧俗间流传很广，反应强烈。
天台宗仍有部分僧人坚持二十四祖说，反对承认天竺二十八祖之说。
契嵩接着写了《教外别传》一书，强调禅宗为教外别传，是达摩传入中国以后，中国的自立一说，这是中国的佛教，虽然是天竺师祖承传，但已是中国化的佛学，对后世的禅宗史影响很大。
| 
