就在王仲义允诺呈送契嵩的几部书给皇帝的时候,契嵩感到应当在皇帝审读书时,及时上书皇帝,请求仁宗皇帝力救佛教。给皇帝上书直言是有风险的,如果信中直言不合皇帝心意,皇帝大怒,就有人头落地的危险。契嵩焦灼地思考几天,在寄宿的寺院内走来走去喃喃自语,然后果断地说：“为了维护佛门,杀头也要上书！”

    契嵩写出万言的《上皇帝书》,他在上书中慷慨陈词,他开头就写着“谨昧死上书,皇帝陛下”,表明他不怕杀头而向皇帝陈述。

    《上皇帝书》陈述请求皇帝明示的两个问题：传法正宗和儒佛相容。

    它对“传法正宗”是这样陈述和要求的：

   “平生窃欲推一其宗祖与天下学佛辈诤释。使百姓而知其学有所统也。山中尝力探大藏,或经或传,校验其所谓禅宗者。推正其所谓佛祖者。其所见之书果谬,虽古书必斥之。其所见之书果详,虽古书必取之。又其出佛祖年世事迹之差讹者,若传灯录之类。皆以众家传记与累代长历,校之修之。编成其书,垂十余万言,名曰传法正宗记。其排布状画佛祖相承之像,则曰传法正宗祖图。其推会祖宗之本末者,则曰传法正宗论,总十有二卷。又以吴缣绘画,其所谓定祖图者一面。在臣愚浅,自谓吾佛垂教仅二千年,其教被中国殆乎千岁,禅宗传于诸夏,仅五百年,而乃宗乃祖事迹本末,于此稍详。传以补先圣教法万分之一耳适当陛下。”

    契嵩在陈述写作经过和内容后,要求皇帝恩赐“收入大藏,作为禅门法理”,他的唯一的愿望就是希望借助皇帝的力量对佛门传法正宗,统一佛门的争议。

    契嵩在《上皇帝书》中另外一个陈述和请求,就是儒佛相容。在《辅教编》中,他充分论证儒佛相容的道理,希望皇帝能够力救佛教。他在信中这样请求：

    “某尝以古今文兴,儒者以文排佛,而佛道侵衰,天下其为善者甚惑。然此以关陛下政化,不力救,则其道与教化失。故山中尝窃书以喻世。虽然,亦翼传奏陛下之丹墀。而微诚不能上感,尝恐老死岩壑,与其志背。今不避死亡之诛,复抱其书,趋之毂下,诚欲幸陛下察其谋道不谋身,为法不为名,发其书而稍视,虽伏斧镊,无所悔也。”

    契嵩在《上皇帝书》大义凛然地申述“谋道不谋身,为法不为名”,准备以死相待而献身于佛门。

    仁宗没有立刻回答他的来信。

    契嵩感到不能坐而等待,他再拿出一套书向皇帝呈送,同时上了第二封信。在向仁宗皇帝上书同时,契嵩认为必须感动朝廷重臣,促使皇帝重视。他通过朝廷主簿关景仁等接连向宰相韩琦和其他重臣富弼、田况、曾广亮、欧阳修等赠书写信,力荐自己的著作。他写给韩琦的信就有四封之多。韩琦在多次接信以后,又读了契嵩的书,感到他的著作很有文采又有道理。为了影响其他重臣,他在早上退朝以后,故意在回府的路上,把契嵩的《辅教编》边走边读。他的动作被后面的欧阳修看见了。欧阳修笑着说：“韩大人,什么好书把你看入迷了！”韩琦扬一扬手中那本《辅教编》说：“是本好书,文采飞扬,道理深刻！”欧阳修接过韩琦手中的书细看,失望地说：“哦,一个和尚写的书,我没有看过！”韩琦高兴地劝欧阳修说：“大人,我劝你细读此书,一个和尚能写出这样好文采的书,难得！”这时欧阳修才感到要读契嵩送来的书。

    欧阳修当时是以文章为己任,为天下学者的师表,又是古人运动的领袖。他反对佛学是为了维护儒教的纯洁性。他认为当时的出家人中,皆是平庸之辈,无所大用之流。所以对契嵩送来的书和信,根本就没有看,认为和尚的书不值得看。但在韩琦的劝说下,他一口气读完契嵩的书以后,见文章写得如此之好,很感兴趣,佩服得五体投地,对来访的文人说：“我要礼而求教之！”。有一次,欧阳修与韩琦夜宴,又谈到契嵩的文章,大家都赞赏他的儒学深厚。欧阳修对韩琦说：“不意僧中有此郎也,黎明当一识之！”

    有人立刻把欧阳修想接见的消息传给契嵩,契嵩十分高兴。天刚亮,契嵩便主动去拜见欧阳修。欧阳修热情地接见他,他们一见如故,因为在文章中已经交心了。欧阳修根本就没有想到,他一生轻视的沙门中,也有古文写得如此好的高手。欧阳修当然知道,契嵩所写的文章就是针对他的,他不但不恼火,反而大加赞赏。两人见面后没有进行理论交锋,因为欧阳修已接受契嵩的“儒佛相容”的理论。

    他们交谈一天,最后是有趣的谈话：

    欧阳修：“我读法师几本书,明白‘儒佛相容’的道理,但有一点如何解释？”

    契嵩：“大人请讲。”

    欧阳修：“孝为儒家的根本,百姓做了出家人还能尽孝吗？”

    契嵩不假思索地说：“能！”

    欧阳修追问：“离开父母还能尽孝吗？”

    契嵩平静地说：“可以。儒家以孝而成人,佛家以孝而成佛。所以佛之孝,至且大！”

    欧阳修高兴地点头：“明白了！”

    此后,欧阳修不再写反佛的文章,晚年自号“六一居士”。他从早年的排佛派,变成虔诚的“佛门居士”,诵持《华严经》以迄至终。