补贴不均衡

由于公车货币化改革的补贴范围、补贴标准和发放形式等缺乏政策依据,使得进行车改地区和部门的操作方案五花八门，给地区之间、部门之间对公务交通资源的分配和使用造成了不平衡。比如，实行车改的国务院有关部门的司局级公务员月补贴最高额只有1200元，国家审计署的正司局级月补贴额只有700元，而珠三角地区的县处级干部的月补贴额已高达3500元。特别是没有参加车改的机要、执法等部门因得不到交通补贴容易心里不平衡。也有个别地区因车改后福利化倾向严重而出现了新的分配不平衡。

体制不配套

由于我国车改不是自上而下地进行，这种下边车改上边未改的状况，出现了一些体制性的摩擦。

税收问题。因公车属于执行公务中的行政性消费，未进行车改的地区或部门，公车消费是免税的，而车改后获得货币化交通补贴的公务人员，因收入增加却要交纳个人收入调节税，增加了车改后公务人员交通费支出成本。

公车指标配置问题。未进行车改的地区和部门公车报废或重新购置，可以享受上级部门或财政拨付的公车配置指标及经费待遇，而车改后的地区和部门却不再享有这些待遇。

价格补贴问题。在油价上涨时期，未进行车改的地区或部门，可以享受到政府的价格补贴，而车改后获得货币化交通补贴的公务人员就得不到这种价格补贴。

工资津补贴科目限制问题。2007年我国规范公务员津补贴以来，因财政部门对各地区、各部门津补贴项目和额度等出台了限制性规定，致使未进行车改的地区和部门无法再操作货币化后的交通补贴项目，也致使车改后的地区和部门难以操作因经济发展变化需要调整的交通补贴标准。

车改不彻底

后果一：若一个地区或一个系统上下没有同时进行车改，就会出现车改地区或部门向未车改地区或部门借车、摊派车辆、转嫁交通费用开支等情况。某些地区已经出现了教育局长用车让学校出钱出车的情况，将公车使用负担转嫁到基层。

后果二：由于有些地区和部门实行“部分车改”、“部分未车改”双轨运行机制，便出现了一边领交通补贴，一边使用公车的现象。

后果三：一些经济欠发达地区，因政府财力紧张，车改时不得不确定较低的交通补贴标准。同时，由于经济欠发达地区私车普及率不高，致使车改后绝大多数公务员既买不起车，也养不起车，从而导致了因交通问题影响工作的现象发生，个别地方甚至出现了车改走回头路的现象。