明代，梧州的政治、军事的重要地位又突现出来了。历史上，历朝历代都不断会有农民起义、造反，骚乱，或土匪山贼为害。明代以前的梧州及粤西这类社会风波也层出不穷。地方乱局，地方政府一般都能处置，大不了再由中央朝廷从邻省派兵增援。再不行，中央钦点元帅或将军来出征，甚至皇帝御驾亲征，总能得胜回朝、奏凱旋归。

    到了明朝，广西的土司、豪蛮策动的少数民族闹事、暴动、割据、起义、造反，甚至立国称王，这就不仅仅是历史教科书常说的“农民反抗地主阶级”那么简单。这其中，有民不聊生的原因，更有民族、文化的矛盾，也有政府政策的失误（如“改土归流”等）。明代中期，越南又不断向粤西扩张。明成祖此时曾派兵想收复越南，但被击退了。此后越南政权又更迭为黎朝、莫朝。莫朝时南北分裂，莫姓控制北部，野心勃勃，于是不断向中国扩张，此时正是明代中期，于是粤西边境进入多事之秋。 明代中期，在外忧內患之际，梧州就被推到历史舞台的前面，再次担当重要角色。

    成化五年（1469年）宪宗皇帝钦定在梧州设立中央政府的派出机构：总督府、总兵府、总镇府。这是中国历史上唯一的一次由中央政府向地方政权钦派三把尚方宝剑、代天子行狩的机构。钦命韩雍为右都察御史、总督两广。总督府由两广总督韩雍担任，总兵府由勋臣平江伯爵陈锐挂“征蛮将军印”出任，总镇府由太监陈瑄担任，韩雍还兼两广巡抚的行政首长。于是，梧州就成了前线指挥部，中央的行辕！

    此三总府驻地，约在今东正路东中路及建设路一带（三总府之会政厅旧址即今市一幼，同治年间曾是凤台书院）。于成化七年（1471年）由韩雍主持建造，韩雍著有近千言之《建总府记》一文。叙其规模布局云：“府之正堂五楹，题曰：‘总制百粤’之堂后作亭，曰：‘同心’，门三楹，左右厢房各五楹。经始于六年四月二十六日落成，于七年五月十八日既成。”。五十三年之后，即嘉靖三年（1524年），三总府再次由右都御史张枫重建，撰《重修总督府记》作者是广东状元伦文叙的第二个儿子进士伦以训。

    文曰：韩雍时之总督府“维时草创，急章程，缓兴作，府第规制多缺，岁久益倾圯”所以今日重修，且看重修之后的壮伟规模： “实始作新，撤其基，拓而西之；就中脉，为听政之堂五楹，堂之后修廊、宴寝、书斋；子舍翼以庖湢诸室，殿以层楼。堂之前，戟门重启，迴廊四合，百执事值所在焉。门之外，赏功所丽于东垣，詰戎所丽于西垣。前关通衢，树三大棹楔，榜其南曰：‘“节制两藩’，东曰：‘岭海肃清’，西曰：‘民物康阜’。经始嘉靖元年冬，三阅月，告厥功成”。总督府内有四堂分别命名为“芝轩堂”、“友清堂”、“燕喜堂”、“退食堂”。文人夏时正撰《芝轩记》一篇，胡荣撰《灵芝赋并序》一篇，韩雍撰《友清堂记》一篇。均载于《苍梧县志》。

    上述五篇府记、堂记及赋文，皆文彩斐然，佳篇杰构也。其后，嘉靖二十二年（1544年）侍郎应贾（有木字旁，敲不出）又在总府西建燕乐堂。二十八年（1550年）督府欧阳必进重立三坊（即南 之“节制两藩’，东之‘岭海肃清’，西之‘民物康阜’）；右侧设药局，左侧设赏功所；中军厅装修得规制宏伟。 三总府之设，必然还有配套的軍事设施。且看总督韩雍、总兵陈锐两将军辟地建造的阅武场（西校场，后称古较场，在西江北岸洗马滩江边，今河西工厂区之旧糖厂一带，即今蓝天港湾花园小区）的雄姿：

    纵横数百步，中为将台，前为大门三间，左右有道府厅、中军旗鼓厅。门外二百步为屏墙。东为宣威坊，西为振武坊，西隅建火神庙。......凡阅武，先以牲帛告火神，而后行事。万历年间，又重修扩建，另造兵营屋一百多间，凡阅武，先以牲帛告火神，而后行事。韩雍还在梧州城外分设六关以扼要冲：东为大云关（在白云山）、南为镇南关（火山下）、西为耀武关（石英山麓）、北为扫云关（珠投岭）、西南为扬威关（铁顶角山上）、下岸关（大塘冲上）。江防之险，梧州为最，在桂江还设有水师营，战船阵列，哨船游弋，甚为壮观。

    现摘录明人闵叙的诗《艨艟诗》，可以重现当年梧州水师是何等威武雄壮的阵容：

    百里苍梧界粤东，水师防汛列艨艟。

    斗筲横载千百艘，容蓄犹如万斛钟。

    梧江方广一濠河，艨艟山立高峨峨。

    曾闻备敌堪恁险，水陆交冲制胜多。

    年年浅泊此中央，浮游十里喜翱翔。

    乘风破浪非无具，万里居然水一方…… “开府梧州，总制百粤”的三总府，于万历七年（1580年）设行台于肇庆（非系搬迁，而是另设行台。清康熙三年，新任总督屈尽美奏请移驻桂林后，梧州三总府就改称为两广巡抚府，简称巡府）。

    但其辉煌的日子终于在沧桑的岁月中黯然消褪，退出历史舞台，建置二○四年之后，于清代康熙十三年（1675）三总府终于在一场逆乱中被烧毁，阅武的古校场也随之荒废，成为历史绝唱。